Halo Wars 2 è il seguito diretto di Halo Wars. Il giocatore è di nuovo chiamato a comandare le truppe della Spirit of Fire, che si ritrovano coinvolte in un nuovo conflitto con una fazione scissasi dai Covenant, ossia i Banished, per impedire loro di prendere possesso di strumenti che metterebbero a rischio la sopravvivenza della galassia.